Debatten handlar delvis om vem som ska företräda EU vid konventionsmötet; EU-kommissionen eller ordförandeskapet, och i så fall i vilka frågor. Situationen har tillspetsats i och med EU:s nya fördrag, som har föranlett EU-kommissionen att hävda att EU från och med nu ska tala med EN röst internationellt, och att det är just kommissionen och ingen annan som ska föra EU:s talan.
Debatten kan te sig svårbegriplig för utomstående, men är viktig eftersom det påverkar maktfördelningen mellan rådet, dvs medlemsstaterna, och kommissionen, och i slutändan också vilken linje som EU ska föra internationellt. CITES-beslutet är av principiell karaktär eftersom den kan ha bäring också på andra internationella förhandlingsprocesser, t.ex. på klimatområdet (där det hittills har varit det rullande ordförandeksapet som har talat för EU).
Vid sidan av revirstriden så finns det också flera sakfrågor i CITES-diskussionen som är högintressanta, och mycket politiska. Till de mer kontroversiella frågorna hör den utrotningshotade blåfenade tonfisken, som är en mycket populär sushi-ingrediens i t.ex. Japan.
Redan 1992 föreslog Sverige (då inte med i EU) att man skulle förbjuda handel med denna tonfisk genom s k Annex 1-listing. Efter starka politiska påtryckningar från bl.a. Japan drogs dock förslaget tillbaks, och idag står arten enligt många bedömare på utrotningens rand.
Nyligen lade kommissionen fram ett ganska halvhjärtat förslag till ny listning av blåfenan, som Sverige och flera andra medlemsländer nu vill skärpa till ett totalt och omedelbart handelsförbud. Andra EU-länder med stora fiskeintressen är dock starka motståndare till detta och påpekar att ett förbud kan leda till att tusental fiskare blir arbetslösa. En intresseorgansiation för fiskenäringen redogör här för argumenten emot listningen.
I grunden handlar det om en klassisk konflikt mellan bevarande- och näringsintressen; de som är motståndare till ett förbud hävdar att de vetenskapliga bedömningarna om tonfiskbeståndet är osäkra eller felaktiga, att ett förbud slår orättvist och leder till tjuvfiske, och att om ett förbud ändå införs så måste fiskenäringen kompenseras ekonomiskt och småskaligt fiske få ett undantag - något som kan skapa rejäla kryphål.
Andra politiskt kontroversiella CITES-frågor rör listning av isbjörnar och elefanter. Frågan är nu om EU ska kunna komma överens internt, eller om man kommer att tvingas att lägga ner sin röst i Doha nästa vecka. Det skulle i så fall bli en pinsam historia för EU - och kanske dödsstöten för blåfenan.